城中地区：城中当时是学校较为集中的文教区与官府集中的行政区，因而慰安所相对较少，主要有“鼓楼饭店中部慰安所”、“傅厚岗慰安所”等。

　　鼓楼饭店中部慰安所：黄泥岗

　　傅厚岗慰安所：鼓楼之北，中央路之左

　　珠江饭店慰安所：位于珠江路

　　满月慰安所：位于相府营

　　菊花谁馆慰安所：湖北路楼子巷25号

　　共乐馆慰安所：城东桃源鸿3号

　　上军南部慰安所：铁管巷四达里

　　城北地区：北部下关一带是南京的交通枢纽与商业集中地区，下关火车站与长江码头又被日军军管，因而驻防日军较多。日本当局在这里设立了多家慰按所，主要有“华月楼慰安所”，“日华会馆慰安所”等。

　　华月楼慰安所：下关商埠街惠安巷13号

　　铁路桥慰安所：下关石梁大街85号

　　鹤见慰安所

　　日华会馆慰安所

　　圣安里A所慰安所

　　圣安里B所慰安所

　　东幸升楼慰安所：下关大马路德安里14号

　　煤炭巷慰安所：惠民桥升安里

　　大垣馆慰安所：下关大马路

　　城南地区：

　　安乐酒店日军军官俱乐部：太平南路，先改为江苏饭店

　　松下富贵楼慰安所：常府街细柳巷福安里5号

　　青南楼慰安所（菊水楼慰安所）：文昌巷19号白菜园大院

　　东云慰安所（东方旅馆）：利济巷2号

　　故乡慰安所：利济巷18号

　　吾妻慰安所：科巷南寿星桥口

　　浪花楼慰安所：中山东路四条巷树德里48号

　　筑紫屋军食堂：洪武路18号

　　大华楼慰安所（大观楼慰安所）：白下路213号

　　城外郊区：城外郊区与浦口、江浦等因为有日军部队驻防在这些地区，而浦口一带是津浦铁路的终点站与日军“第二碇泊场”及“三井码头”、浦口战俘营所在地，更是集中了大量日军。

　　汤山是南京外围的重要据点，防驻许多日军，日军当局在当地设立了几家慰安所。

　　昭和楼慰安所：浦口大马路7号

　　日支馆料理店兼慰安所：浦口大马路3号

　　一二三楼慰安所：浦口大马路3号

　　江浦慰安所

　　汤山慰安所